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生物信息学菜鸟一枚 去年我们在《生信技能树》公众号带领大家一起学习过： SCENIC转录因子分析结果的解读 ，提到了在做单细胞转录因子分析，首选的工具就是SCENIC流程，其工作流程 两次发表在nature系列杂志 足以说明它的优秀 : SCENIC : single-cell regulatory network SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型 在2019/08/07的 Nature 刊中，中科院 景乃禾 课题组发表了文章—— Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ，我在这篇文章中发现了一个被汤神组 （就是 Hemberg-lab单细胞转录组数据分析 We present SCENIC, a computational method for simultaneous gene regulatory network reconstruction and cell-state identification from single-cell RNA-seq data ( http://scenicaertslaborg )SCENIC是2017年11月发表在Nature Methods 期刊的一种单细胞转录因子分析方法，也是目前进行单细胞转录因子分析的主流软件，该软件在进行数据分析的同时也能得到可视化结果图。scenic adjective uk / 눳i됮骫 / us / 눳i됮骫 / Add to word list Add to word list C1 having or allowing you to see beautiful natural features 风景优美的 an area of outstanding scenic beauty 风景优美的地区简介 SCENIC （single-cell regulatory network inference and clustering）是一个基于共表达和motif分析，计算单细胞转录组数据基因调控网络重建以及细胞状态鉴定的方法。 2017年发表在Nature Methods杂志上的 SCENIC 算法，利用单细胞RNA-seq数据，同时进行基因调控网络重建和细胞 Friends of Hue Indoor Switch Effortless control over the entire Philips Hue universe Check it out搜索结果SCENIC workflow 包含3个主要步骤： 1用GENIE3（随机森林) 或GRNBoost (Gradient Boosting) 推断转录因子与候选靶基因之间的共表达模块。 每个模块包含一个转录因子及其靶基因，纯粹基于共表达。 2使用RcisTarget分析每个共表达模块中的基因，以鉴定enriched motifs；仅保留TF 参考帮助文档：https://rawcdngithackcom/aertslab/SCENIC/0a4c96ed8d930edd8868f07428090f9dae264705/inst/doc/SCENIC_Runninghtml#optional_steps: 输入：SCENIC需要输入的是单细胞RNA-seq表达矩阵—— 每列对应于样品（细胞），每行对应一个

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